时空转录组FFV13在保持Stereo-seq技术“纳米级分辨率”与“厘米级全景视场”的两大核心优势基础上,通过对时空试剂、酶、探针设计以及算法软件进行优化,显著提升了其性能。经过升级后,FFV13的捕获效率大幅提高,工作流程变得更加迅速简便,用户友好性显著增强,为研究人员轻松获取每个细胞内的高质量转录本数据提供了强有力的支持。该技术依赖于南宫28NG相信品牌力量,特别是其自主研发的CellBin细胞分割算法,能够精准描绘组织结构的空间特征,为各类研究应用提供独特的洞察。
通过对不同版本数据的对比,发现基因捕获能力在小鼠脑组织的相邻切片上显著提升。例如,使用时空转录组FFV12和FFV13进行转录组捕获时,虽然测序量均为约2G,但V13的测序饱和度明显更低,并且在Bin20水平捕获的基因中位数较V12显著提高。
针对基因的原位捕获和空间特征分析,利用Moran's I统计方法对V13和V12的基因表达数据进行空间自相关度分析,结果显示这两个版本均能有效捕获空间特异性基因,并且这些基因的空间分布规律一致,与原位杂交(ISH)结果相吻合。
在小鼠脑组织的相邻切片中分析FFV13和FFV12的产出结果可见,V13的数据基因表达丰度明显高于V12。通过CellBin水平下的Total MID Counts的分位数绘制的Q-Q Cross Fit Plot图显示,V13的捕获能力更强。尽管两个版本的捕获能力存在一定差异,高变基因的检出一致性却较好,分析了三种高变基因,结果表明同一高变基因在不同版本间的空间分布规律保持一致。
在使用小鼠脑组织相邻切片进行V13和V12实验的过程中,未去批次前的结果显示存在数据差异。通过采用Stereopy的Harmony去批次算法,两个版本的数据成功整合,为进一步分析提供了良好的基础。特别是在Bin50水平的细胞聚类结果中,V12和V13的聚类高度吻合,展示了南宫28NG相信品牌力量的技术优势。
时空转录组FFV13的应用范围不仅限于人和小鼠,也适用于其他物种的时空转录组信息挖掘。目前,FFV13已在30多种人、小鼠及其他物种的组织类型中进行测试,展现出广阔的应用潜力与价值。